分享一篇JACS上的文章Switchable DNA Catalysts for Proximity Labeling at Sites of Protein−Protein Interactions，本文通讯作者是来自威斯康星大学的Jeffrey D. Martell教授，其研究方向为发展模拟酶的高效催化剂。

蛋白-蛋白相互作用在细胞间通信与传导细胞外信号是必要的，因此测定感兴趣胞外蛋白的临近蛋白的方法对于研究细胞信号过程是十分重要的。常规的免疫共沉淀或光交联的方法需要与感兴趣蛋白有直接的相互作用，而临近标记的方法可对感兴趣蛋白附近的蛋白均进行标记，能发现不直接与感兴趣蛋白有相互作用，但空间上临近的蛋白。本文中作者发展了能标记蛋白-蛋白相互作用的临近蛋白的方法。

作者设计的临近标记催化剂仅在引发剂存在下才能被激活。此催化剂含有三个组件：一是能在引发剂存在下改变构象的寡聚DNA；二是临近标记光催化剂；三是能在临近时猝灭光催化剂的猝灭剂。在默认情况下，DNA保持光催化剂与猝灭剂临近的构象，使光催化剂失活无法催化临近标记。而在特定引发剂存在下，会改变光催化剂与猝灭剂的距离，使光催化剂被激活从而发生临近标记。例如可使用能改变构象的DNA适配体作为主体安装光催化剂与猝灭剂，并使用单链DNA作为引发剂改变DNA适配体的构象，从而实现临近标记的激活。在研究蛋白-蛋白相互作用的情境下，可将两部分引发剂DNA分别连接到两个蛋白上，仅当两个蛋白临近时，两部分引发剂DNA部分互补配对，才会结合并激活催化剂，从而对其临近蛋白进行标记。

作者将此DNA催化剂连接到Her2的亲和体上，并使其结合到细胞表面的Her2上，结果可以发现细胞膜表面的蛋白有明显的生物素标记。此后作者想研究Her2-Her3二聚体的临近蛋白，同样使用抗体将两部分DNA引发剂分别连接到Her2与Her3上，结果发现仅当Her2与Her3能发生相互作用时细胞表面蛋白才会被标记，当使用抗体阻断其相互作用时标记就不会发生。

本文作者：JGG

责任编辑：ZJ

文章链接：https://pubs.acs.org/doi/10.1021/jacs.3c05578

文章引用：10.1021/jacs.3c05578