Angew. Chem.Int. Ed. | 用基因编码的光笼谷氨酸构建光激活蛋白

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给大家分享一篇发表在Angew. Chem.Int. Ed.上的文章,题为:Constructing Photoactivatable Protein with Genetically Encoded Photocaged Glutamic Acid。本文的通讯作者是来自天津大学的轩维民。

    光通常被认为是一种理想的外部刺激,可以无创地隔空触发活细胞中的特定生物事件。为此,利用天然存在的感觉感光蛋白的光遗传学方法,和利用各种光可去除基团的合成方法引起了人们的广泛关注,促进了光响应小分子、核酸和蛋白质的设计与应用。

    遗传密码扩充(GCE)技术能够将非天然氨基酸(ncAA)定点掺入蛋白质中,为光学控制活细胞中的蛋白质功能提供了新的设计思路。例如目标蛋白质可以通过GCE策略突变为其光笼类似物,以完全抑制蛋白质活性。在光照射下,可以选择性地去除笼蔽基团,从而释放出天然形式的蛋白质。然而,通过GCE构建光笼蛋白仍然依赖于活性位点内或附近的半胱氨酸(Cys)、丝氨酸(Ser)、酪氨酸(Tyr)或赖氨酸(Lys)残基的存在,不可避免地限制了应用范围。

    本文作者尝试丰富基因编码库。谷氨酸(Glu)经常出现在蛋白质的活性位点,在质子转移、酸碱催化和静电相互作用中发挥重要作用。因此,开发Glu的光笼类似物能为光激活蛋白的开发带来更丰富的选择。首先,作者设计了如图1A所示的两种光笼L-谷氨酸类似物ONBENPE。以绿色荧光蛋白(GFP)为基础,两者的掺入均能显著增强荧光强度(图1B)。随后通过SDS-PAGE(图1C)和ESI-QTOF质谱(图1D)进行分析。

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1. 大肠杆菌中基因编码ONBENPE


    接下来,作者研究了ONBENPE是否可以在哺乳动物细胞中进行遗传编码。在HEK293T细胞中,利用ONBENPE表达EGFP突变体(Tyr39TAG)。如图 2A 所示,只有在2 mM ONBENPE存在的情况下才能观察到亮绿色荧光,表明转染细胞中全长 EGFP 的产生依赖于 ncAA。与细菌中的结果一致,ONBE 的掺入效率远高于NPE。通过ESI -QTOF质谱法验证ncAA的掺入和完整性(图 2B)。

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2. 哺乳动物细胞中基因编码 ONBE 和 NPE


    可光激活的荧光蛋白是备受追捧的分子探针,用于光学标记和跟踪生命系统中的目标蛋白。E222GFP中的保守残基,在发色团形成过程中发挥重要的静电相互作用。因此,作者尝试通过用ONBE替换E222来生成光可激活GFP变体(图 3A)。紫外线照射后,前2小时内出现时间依赖性荧光增强(图3C)。最终产物的ESI-QTOF分析揭示了笼蔽基团的去除和发色团的形成(图3B)。在HEK293T细胞中表达变体GFP,证明其在哺乳动物细胞中的光激活作用。如图3D所示,红色荧光表示融合蛋白的全长翻译和膜定位,观察不到绿色荧光,在紫外线照射后逐渐增加绿色荧光。这些实验验证了光笼Glu在直接有效生成可光激活的GFP变体方面的应用潜力。

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3. 通过编码ONBE设计可光激活的GFP变体


    此前,光笼Tyr已被用于通过替换发色团形成Tyr66来生成可光激活的GFP。然而,对于发射较短波长的荧光蛋白,例如蓝色荧光蛋白(BFP)和青色荧光蛋白(CFP),保守的Tyr66分别突变为HisTrp,从而限制了光笼Tyr在这些情况下的使用。由于E222在源自维多利亚水母或珊瑚的荧光蛋白中高度保守,因此作者推断可以使用ONBE将一系列荧光蛋白轻松转换为可光激活的变体。为了证明这一点,作者在相应的Glu处编码ONBE来表达BFPCFP、黄色荧光蛋白(YFP)和mCherry的可光激活变体,紫外线照射可导致荧光明显增加。因此,基因编码的Glu扩大了GCE技术可实现的光激活荧光蛋白的范围。

    最后,作者注意到SpyTag/SpyCatcher这种广泛使用的共价分子组装工具。在此系统中,SpyCatcher中的关键GluE77)能够催化SpyCatcher中的LysSpyTag中的Asp之间形成异肽键。作者用ONBE取代E77,再将SpyTag融合到sfGFPN末端。如图4A所示,SpyCatcher-E77ONBE无法与SpyTag-sfGFP缀合,表明E77可以作为有效的笼蔽位点。当样品受到紫外线照射时,SDS-PAGE凝胶上出现大量偶联物。如图4B所示,仅当应用UV照射时,表达SpyCatcher-E77ONBE的细胞才能被SpyTag-sfGFP染色。

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4. 通过编码ONBE构建可光激活的SpyCatcher


    综上所述,作者设计了光笼谷氨酸类似物,并将其整合到大肠杆菌和哺乳动物细胞的蛋白质中。这种策略可以直接有效地产生活性依赖于谷氨酸的光活化蛋白质,从而丰富了基因编码的光笼氨基酸的工具箱。


作者:HYH  审校:LXY

DOI: 10.1002/anie.202308472

Link: https://doi.org/10.1002/anie.202308472


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