分享一篇发表在Anal. Chem.上的文章“Identification of Inosine and 2′‑O‑Methylinosine Modificationsin Yeast Messenger RNA by Liquid Chromatography−Tandem Mass Spectrometry Analysis”。本文的通讯作者是武汉大学的袁必锋教授，该课题组主要进行表观遗传修饰、核酸损伤和修复和代谢组分析研究。
信使RNA(mRNA)可逆修饰的发现为RNA修饰介导的表观遗传调控开辟了新的研究方向。酵母是分子生物学中广泛应用的模式生物。系统的研究和分析酵母mRNA的修饰将有助于我们理解酵母的生理调控机制。然而，由于总RNA中核糖体RNA (ribosomal RNA, rRNA)和转移RNA (transfer RNA, tRNA)的丰度较高，分离低丰度的mRNA往往会受到rRNA和tRNA的污染，从而导致mRNA修饰的假阳性测定和定量不准确。因此，获得高纯度的mRNA对于mRNA修饰的精确测定和准确定量至关重要，特别是对于那些注重发现新修饰的研究。
为此，作者提出了一种结合靶向polyA纯化和琼脂糖凝胶电泳纯化的连续正交分离方法，提取高纯度的mRNA。利用提取的酵母高纯度mRNA，作者通过液相色谱-电喷雾电离-串联质谱(LC-ESI-MS/MS)分析系统地探索了酵母mRNA的修饰。检测到的RNA修饰的确认基于以下标准：(1)检测到的修饰与标准之间的保留时间和MS2光谱的一致性(2)排除来自其他来源的修饰核苷的潜在污染。结果表明，除了之前报道的8种修饰外，还有2种新的修饰肌苷(Ino)和2'-氧-甲基肌苷(Im)在酵母mRNA中普遍存在。
值得注意的是，这是首次发现了Im修饰。此外，作者还观察到，在酵母细胞的不同生长阶段，10种修饰蛋白(包括Ino和Im)的表达水平发生了动态变化。在H2O2处理下，Im在mRNA中的表达明显下降。这些结果表明，酵母mRNA中新发现的两个修饰位点参与了酵母细胞的生长和对环境胁迫的响应。综上所述，本文报道了酵母mRNA中Ino和Im的两个新修饰，这扩大了酵母RNA修饰的多样性，也为调节酵母生理功能提供了新的调控因子。
本文作者：WQW
责任编辑：Guo ZH
原文链接：https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.analchem.1c05292
文章引用：DOI：10.1021/acs.analchem.1c05292
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