分享一篇发表在Chemical Science上的文章Photo-caged 2-butene-1,4-dial as an efficient, target-specific photo-crosslinker for covalent trapping of DNA-binding proteins，通讯作者是南开大学的周传政教授，其课题组研究的方向是与核酸及蛋白质相关的化学生物学方法。  

通过光交联共价捕获DNA结合蛋白是研究DNA结合蛋白相互作用的有利方法。但是传统的光交联靶标捕获效率低且会产生较高的非靶标背景捕获。本文中作者发展了一种长寿命的光脱笼的2-butene-1,4-dial（PBDA）DNA结合蛋白交联剂，可以通过360nm光照产生2-butene-1,4-dial（BDA）从而与赖氨酸残基选择性地反应，从而获得稳定的DNA-蛋白交联。 

由于呋喃环在开环条件下可以与赖氨酸发生共价交联的特性，作者使用了一种响应近紫外光激活的NV保护呋喃基团，使得其可以在360 nm光照条件下水解开环暴露出高反应性的羰基基团，这一过程在紫外光下发生的相当快并且在不存在亲电性试剂的条件下相当稳定，但在赖氨酸存在的条件下可以快速被反应，如果邻近基团中还存在半胱氨酸，该反应基团也会进一步与其形成环状交联。  

之后，作者制备了具有炔基基团的核小体核心颗粒（Nucleosome core particles，NCP）用于与组蛋白八聚体的共价交联。与二苯丙酮及双吖吡啶诱导的光交联相比，PBDA可以在两分钟内诱导70%的DNA和组蛋白交联，展现了该交联剂的高效性。同时，作者还制备了一种具有PBDA与5fC修饰的dsDNA，尝试在裂解液中提取可以识别5fC修饰的碱基切除修复酶胸腺嘧啶DNA糖基化酶（TDG），结果显示该交联剂可以很好地富集出其中的TDG蛋白，展现出该交联剂较好的特异性。 

总之，本文发展了一种高效特异性的光交联剂，可以用于捕获和鉴定DNA结合蛋白，对于进一步研究RNA-蛋白交联和蛋白-蛋白交联方面同样具有广泛的应用。

本文作者：LYC

责任编辑：FTY

原文链接：https://pubs.rsc.org/en/content/articlelanding/2023/sc/d3sc03719c

文章引用：DOI: 10.1039/D3SC03719C