跟大家分享一篇发表在analytical chemistry杂志上的文章，题目为“Label-Free Quantitative Thermal Proteome Profiling Reveals Target Transcription Factors with Activities Modulated by MC3R Signaling”。文章的通讯作者是来自乌普萨拉大学的Erik T. Jansson教授。
蛋白质-配体之间的相互作用参与到几乎所有生命过程的调控，具有重要的研究价值。热蛋白质组分析技术（thermal proteome profiling，TPP）是目前广泛使用的一种蛋白-配体相互作用的研究方法，其主要流程包括配体处理、加热、蛋白质提取、酶切、质谱分析等。通过绘制配体处理前后蛋白质的热稳定性曲线，可以对蛋白-配体之间的相互作用进行全局性的解析。目前的TPP实验主要依赖于标记定量和数据依赖型（DDA）采集模式。本文中，作者使用了非标的数据非依赖型采集模式进行定量，同时也发展了多维的数据处理流程，并将发展的方法应用于黑皮质素3受体（MC3R）下游信号通路的研究。
MC3R是一个G蛋白耦联受体，可以被内源性的激动剂所激活，MC3R的激动剂包括ACTH，α-MSH和 γ-MSH等，它们激活MC3R的机制是不同的。本研究中，作者在293T细胞中过表达了MC3R，然后用不同的激动剂处理细胞，通过使用不同的激动剂浓度以及不同的热温度处理，绘制MC3R在激动剂处理下的二维TPP数据集。本研究从小分子浓度和处理温度两个维度绘制了MC3R不同激动剂的溶解曲线。通过对37度条件下的数据进行分析，可以对差异蛋白上游的转录调控因子进行预测，绘制在不同激动剂处理条件下的转录因子调控网络。通过对不同温度点的数据进行处理，绘制蛋白质的热稳定性曲线，可以筛选获得激动剂的作用靶点，并对蛋白质靶点的功能进行分析。作者还发现不同激动剂的作用靶点存在明显差异，这也是符合预期的。总的来说，作者发展了一种基于无标定量的TPP分析流程，可以从多个维度对蛋白质-配体之间的相互作用进行分析。同时，作者发展了多维的数据处理流程，有助于我们对特定药物刺激下的分子调节机制进行深入研究。原文链接：https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.analchem.3c03643文章引用：DOI: 10.1021/acs.analchem.3c03643
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