分享一篇最近发表在Nature上面的论文，文章的标题是“Universal recording of immune cell interactions in vivo”，文章的通讯作者是来自洛克菲勒大学的Gabriel D. Victora教授和来自普林斯顿大学的Yuri Pritykin教授，前者的研究方向是获得性免疫，后者的研究方向是功能基因组学。

本文主要介绍了一种通用的细胞间互作的标记方法uLIPSTIC(universal Labelling Immune Partnerships by SorTagging Intercellular Contacts),该方法基于Victora教授在2018年发表的LIPSTIC方法上改进而来。LIPSTIC通过在供体细胞CD40配体上融合了金黄色葡萄球菌转肽分选酶SrtA,同时在受体细胞CD40受体上连接5个连续甘氨酸的肽段（G5），在加入融合了生物素标记的LPETG肽段底物后，此时供体细胞的SrtA转肽酶会与LPETG肽段形成酰基中间产物，当供体和受体细胞因CD40配体和受体结合而接触时，转肽酶SrtA会将生物素标记的LPETG从供体细胞转移到受体细胞的甘氨酸肽段（G5）上，从而对受体细胞进行标记。

在本文中，作者将原本连接在CD40配体和受体上的SrtA转肽酶和G5肽段，分别融合了人源跨膜结构域PDGFRB（mSrtA）和鼠源细胞表面蛋白Thy1.1（G5-Thy1.1）, 并直接高表达在细胞膜上，克服了原有版本LIPSTIC依赖特定受体-配体相互作用的限制，从而开发出理论上可以通用标记的细胞间的相互作用的方法uLIPSTIC。

作者首先在体外和体内验证了uLIPSTIC方法的特异性和通用性。通过共培养表达mSrtA和OV-II TCR的T细胞和表达G5-Thy1.1受体B细胞，他们发现B细胞上面的生物素标记是依赖外源OV_323-339肽段的，同时加入MHC-II抗体封闭T细胞和B细胞互作也能将B细胞表面标记减少到基础水平，证明uLIPSTIC标记的特异性。随后作者在小鼠体内，利用类似于OV II TCR/OV_323-339-MHC-II介导的抗原呈递细胞间相互作用系统，证明了uLIPSTIC在体内、在不同生理背景下、不同的细胞类群之间，可以特异性地标记到已知的细胞间的相互作用。

最后，作者对肠上皮细胞（IECs）标记到的小鼠肠内皮T淋巴细胞（IELs）进行了单细胞测序，鉴定到的细胞类群和标记强度分布模式也符合目前已知的IELs细胞发育成熟的轨迹。作者还建立了不同基因表达水平对标记强度的关联，很好地鉴定到了目前已知对IELs细胞分化起到调控的基因。

总而言之，作者开发了一种通用的细胞间相互作用标记技术，这种技术可以较好的鉴定到相互作用的细胞类群，且标记的信号强度与互作水平相关联，这也为后续单细胞转录组学分析中基因表达水平提供了一个互作水平的读出，为鉴定到调控细胞间相互作用的分子通路提供了一种新的方法。