Chem. Commun. | 与二硫键生成断裂相耦合的酰胺键顺反切换

  • A+

分享一篇近期发表在Chem. Commun.上的研究进展,题为:Complete amide cis–trans switching synchronized with disulfide bond formation and cleavage in a proline-mimicking system。该工作的通讯作者是来自东京大学Tomohiko OhwadaYuko Otani

    蛋白质中的二硫键形成于两个半胱氨酸(Cys)残基之间。当两个相邻Cys残基之间形成二硫键时,便得到了一个八元环结构,又称邻二硫环(vicinal disulfide ringVDR)(图1a)。氧化形成二硫键之前,两个Cys间的酰胺键无疑是以反式构象存在的,但在氧化成VDR后,酰胺键的顺反倾向便受到蛋白质具体化学环境的影响(图1b)。当此酰胺的N原子被甲基化后,对应的三级酰胺在VDR中完全以顺式存在(图1c)。前期研究中,作者发现并双环吡咯烷形成的酰胺键具有高度的反式倾向,而普通的三级酰胺往往是一个顺式和反式的混合物(图1d)。

1
1. 研究背景

    基于以上的研究背景,作者提出设计一个同时含有酰胺和二硫键的体系——当二硫键未形成时,酰胺键完全以反式存在,而在形成二硫键之后,酰胺键也随之完全切换为顺式。为了这个目标,作者设计合成了AB两个系列的模型底物(图2)。
系列A以脯氨酸为基本骨架,而系列B则含有结构更为复杂的双环吡咯烷结构。对A系列而言,无论是乙酰化二硫醇还是二硫环状态,酰胺键均为顺反混合物。与A明显不同,B系列在氧化前后均表现出了高度的顺反选择性:乙酰化二硫醇的酰胺键完全以反式存在,二硫环全部为顺式,并且七至九元环底物表现出了相同的规律(图3)。当使用三(2-羧基乙基)膦(TCEP)还原9c时(九元环,晶体结构见图2d),也可观察到酰胺键从顺式到反式的完全转变(图2e)。
2
2. 二硫环的生成
3
3. 酰胺键的顺反分布

    随后,作者选择与天然VDR同为八元环二硫的9b,对它的构象展开了详细研究。在NOESY核磁谱图中,作者观察到了H(3)H(7)的相关信号,进一步支持了9b的顺式构象。同时,在NOESY谱图中也清楚地观察到了二硫环上偕氢原子的交换信号,这表明9b在溶液中以一对互为对映异构体的构象异构体存在,并且它们之间存在慢速的互变(图4a)。作者使用元动力学(metadynamics)方法模拟了χ3 χ1’两个二面角对构象能量的影响,并由此锁定了a-d四个低能构象(图4b)。DFT计算进一步优化得到了这些构象的三维结构并评估了它们的能量(图4c)。其中,构象异构体ab为对映异构体,能量最低。a构象中的二面角为(χ1, χ2χ3χ2χ1) = (+59°, +57°, -73°, -28°, +72°),按照VDR的分类,属于cis-(+, +)AntiLHHook构象。这种构象在天然VDR中非常罕见,通常认为因具有较大的张力而不稳定。在本体系中,作者认为正是9b独特的双环结构稳定了高张力的二硫环,并且减缓了环的构象翻转。
8
4. 9b构象分析 

    最后,作者使用交换核磁谱(EXSY)测定了9b的构象ab间的互变能垒(ΔG)为15.9 kcal/mol,与DFT预测的15.6 kcal/mol较为接近。此外,作者还使用理论或实验手段研究讨论了除9b外,其他几种二硫环的构象,笔者在此不再赘述,请感兴趣者阅读原文。
    综上,本文基于双环酰胺的特殊结构,实现了与二硫键的形成-断裂相耦合的酰胺键顺反的完全切换,且所得八元环二硫具有自然界罕见的高张力cis-(+, +)AntiLHHook构象。作者认为该体系将有望应用于多肽的构象调控。

作者:WS  审校:QJC
DOI10.1039/D4CC01096E

weinxin
我的微信
关注我了解更多内容

发表评论

目前评论: