J. Am. Chem. Soc. | 用于核内阻断 RNA 蛋白相互作用的功能性适配体体外进化

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分享一篇发表在JACS上的文章,文章题目为“Functional Aptamers In Vitro Evolution for Intranuclear Blockage of RNA-Protein Interaction”。本文通讯作者为北京大学药学院的张力勤助理教授、陕西师范大学化学化工学院的张志琪教授、北京大学药学院的杨振军教授和北京协和医学院的郭颖研究员。


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在过去的三十多年中,尽管有许多研究旨在开发适配体作为药物使用,但是基于适配体的药物开发一直停滞不前。开发适配体药物的一个主要困难在于体外筛选的效率较低,目前开发适配体通常是使用指数富集的配体系统进化技术(Systematic Evolution of Ligands by EXponential enrichment, SELEX),由于单轮可实现的富集有限,因此该方法得到的适配体亲和力较低,而且该方法得到的适配体对靶标或许只是有较高亲和力,后续还需对适配体的功能进行检测,此外,由于适配体仅由四种经典核苷酸组成,后续还需对其进行改造以改善其药代动力学相关性质。因此,本文作者提出了一种功能适配体体外筛选平台(Functional Aptamers in vitro Evolution, FAIVE),该平台可以筛选出以较高亲和力与靶标结合并调节靶标功能的适配体。
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FAIVE平台的文库制备基于粒子展示技术(particle display)和点击化学的策略,初始文库具有25nt的随机序列以及21nt的引物序列,随机序列由dA、dC、dG和5’-乙炔基修饰的dU组成,将单个适配体转化为文库颗粒之后,使用点击化学在dU上引入吲哚基团,用于增加文库的疏水性。之后,作者使用该方法筛选了阻碍HIV-1 Tat蛋白和TAR RNA相互作用的适配体。作者将TAR39和Tat14肽分别偶联了荧光团TAMRA和淬灭基团BHQ-2,因此RNA-肽相互作用会导致荧光淬灭,背景信号较低,将适配体文库与RNA-肽复合物孵育,使用FACS分选能够恢复荧光信号的适配体颗粒,随后扩增分选的颗粒,并迭代重复此过程以进化和富集能够阻断RNA-肽相互作用的序列。之后作者使用脂质纳米颗粒递送系统尝试将筛选得到的适配体递送到细胞核内,并建立细胞模型,检测适配体对TAR-Tat相互作用的干扰。

综上所述,作者开发了一种筛选功能性适配体的平台。


本文作者:LZ
责任编辑:ZJ
原文链接:https://pubs.acs.org/doi/10.1021/jacs.4c08824
文章引用:https://doi.org/10.1021/jacs.4c08824




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