分享一篇发表在Cell Chemical Biology上的文章，文章题目为“Degradome analysis to identify direct protein substrates of small-molecule degraders”，本文通讯作者为德国癌症研究中心的Jeroen Krijgsveld教授，他们的主要研究方向是开发工具来研究蛋白质组在时间和空间上的动态调节过程，从而理解癌症生物学和干细胞多能性的过程。
小分子降解剂是一种新兴的药物，它可以通过诱导靶蛋白降解来发挥作用，为治疗疾病提供了新的选择，然而目前没有比较有效的方法来鉴定小分子降解剂的作用靶标，一个困难在于如何区分降解剂的直接作用蛋白和因间接的下游效应而表达水平下降的蛋白。本文作者开发了一种方法名为DegMS用于找到小分子降解剂的直接蛋白底物。该方法用叠氮基高丙氨酸（AHA，一种可进行click反应的蛋氨酸类似物）代谢标记细胞中的所有蛋白，同时进行稳定同位素标记（SILAC），培育一段时间之后，进行降解剂处理，并除去培养基中的AHA，但仍是SILAC培养基，这样降解剂处理之后，新生的蛋白质不会含有AHA，在后续的质谱样品制备流程中不会被富集，因此那些下游蛋白含量的变化不会反映在实验结果中。为了验证这个工作流程是否能够达到预期效果，作者选择了一个已知靶点的小分子降解剂dCeMM2，使用上述工作流程来寻找其直接相互作用蛋白。在dCeMM2处理细胞之后选择不同的时间点取样，结果表明dCeMM2处理4 h之后，它的已知靶点cyclin K、CDK13和CDK12的含量显著降低，而且这三个蛋白是鉴定到的4000多个蛋白中唯一显著下降的蛋白。之后作者还比较了DegMS与全局性蛋白质组学办法，在全局性的分析中，有许多蛋白的含量显著下降，这与cyclin K、CDK13和CDK12的生理功能是一致的，因为这三个蛋白降解之后会导致其他基因的广泛转录下调。但是在DegMS中，cyclin K、CDK13和CDK12的排名在降解蛋白质的前列，说明了该方法的可靠性。后续作者用他们开发的这个方法研究了另外两种小分子降解剂的直接蛋白底物。综上所述，作者开发了一种蛋白质组学方法来分析小分子降解剂的直接蛋白底物。https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2451945624004422?via%3Dihub文章引用：https://doi.org/10.1016/j.chembiol.2024.10.007
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