Nat. Commun.|非靶向代谢组学的离子抑制校正和归一化

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介绍一篇发表在Nature Communications上的文章: Ion suppression correction and normalization for non-targeted metabolomics,本文的通讯作者是来自德克萨斯大学安德森癌症中心的Philip L. Lorenzi教授,他的主要研究方向为癌症,蛋白质组学,代谢组学。


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离子抑制是在基于质谱的代谢组学中的一个主要问题,它会显著降低测量的准确度、精密度和灵敏度。离子抑制的产生与多种因素有关,包括基质类型、离子源类型、流动相的组成等等,在实践中抵消所有分析物和所有样品的离子抑制仍然是巨大的挑战。本文作者采用了一种使用稳定同位素标记的内标(IROA-IS)库和配套算法来测量和校正离子抑制,并对代谢组学数据进行归一化。
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稳定同位素内标可以校正电离效率和离子抑制的可变性,但是一些化合物例如乳酸(M+0)和丙氨酸(M+1)难以区分。同位素比异常值分析(IROA)通过生成生成清晰可识别的同位素模式来解决这个问题。本文开发的实验流程根据内标和参照标准,利用独特的、特定于公式的同位素分子量标准来识别任何类型样品中的每个分子。在完整工作流程中,首先制备实验组样品,显示其示例谱图,然后加入内标,制备分析样品及其谱图,分析样品在一个序列中随机注入,该序列以注入参照标准(由含有5% 13C和95% 13C两种同位素模式的样品组成)开始和结束,大约每10次注入一次,之后,由于内标存在,即使样品输入存在显著差异也可以进行归一化。随后,作者利用双MSTUS(MS总有用信号)归一化算法提高准确度、灵敏度。
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最后,作者利用上面的方法揭示了对L-天冬酰胺酶的耐药机制。结果发现,细胞上调多肽的生成能力与L-天冬酰胺酶的抗性有关,推测可能与以下因素有关:自噬诱导多肽的生成;多肽水解产生氨基酸以及从头的多肽合成
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总之,作者开发了一种可以校正并归一化代谢组学中离子抑制的方法。

本文作者:WTR
责任编辑:MB
原文链接:https://doi.org/10.1038/s41467-025-56646-8
原文引用:DOI:10.1038/s41467-025-56646-8




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