Angew. Chem. Int. Ed. | 用苯甲酰丙烯酸偶联DNA和抗体

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分享一篇发表在Angew. Chem. Int. Ed.上的文章,文章的题目是A Platform for Site-Specific DNA-Antibody Bioconjugation by Using Benzoylacrylic-Labelled Oligonucleotides。通讯作者是剑桥大学化学系Bernardes,Gonçalo教授,他的课题组旨在开发新型化学选择性偶联方法,并将其应用于体外和体内选择性蛋白质/配体标记领域,以了解和干预人类疾病。

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由于蛋白质具有广泛的生物学功能,核酸(NAs)具有高度可编程性及高特异性,因此在单一分子支架中交联蛋白质和NAs,可以兼具这二者的功能优势。其中,DNARNA寡核苷酸(ONs)与抗体的偶联已被用于抗体介导的治疗性ONs的递送等方面。为了制备DNA-抗体的偶联物,可以使用双官能团交联剂将蛋白质表面上的反应性氨基酸残基与修饰的ON交联(1b)。为了避免多个反应性残基导致的非特异性标记,双功能交联剂是一种常用的选择。它的功能接头通常包含胺修饰的反应性活化酯或用于缀合带有硫醇的分子的迈克尔受体部分(1c)N-羟基琥珀酰亚胺 (NHS) 酯和马来酰亚胺虽然是常用的支架,但存在如下缺点:马来酰亚胺对硫醇的选择性受pH值影响。高pH下,NHS酯和马来酰亚胺都会发生水解。此外,马来酰亚胺试剂形成的硫醚键的稳定性有限,会进行快速的硫醇交换反应。

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共价NA-蛋白质生物偶联物的制备策略。

为了避免以上缺点,作者报告了一种策略,通过使用新的苯甲酰丙烯酸五氟苯基酯标记试剂2(BA-PFP 2)(图1d)作为传统马来酰亚胺-NHS 交联ON和蛋白质的替代方案。这种方法可以克服上述高pH 水解和稳定性的缺陷。在确定了标记条件后,作者首先实现了5 ' -氨基修饰的DNA ONsBA-PFP 2的偶联(图2a),并对BA标记产物进行了LC-MS表征(图2b),在不同长度的ON下,都观察到反应物完全转化为预期产品的现象。

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2 5 ' -氨基DNA ONs的修饰及BA标记产物的LC-MS表征。

在完成氨基修饰ONs的标记后,需要进一步将BA标记的ONs偶联到蛋白质和抗体上。为了精确表征这些结构以生成位点特异性和化学计量(1:1DNA -蛋白偶联物,作者对LC-MS分析方法进行了优化。利用BA标记的ON 5'-BA-ss11-mer与抗非洲爪蟾核孔蛋白复合物594Nup98 G85C制备偶联物(图3a),与使用甲酸作为LC-MS添加剂相比,乙酸铵在10 mM浓度下,得到了更清洁的提取离子系列(图3b),其质量与预期质量吻合。同时,10 mM甲酸铵对样品电离有明显影响,但总质量离子的解卷积和重建与10 mM 乙酸铵有相似的结果(图3b)。利用优化后的LC-MS方法对制备的偶联物进行表征,观察到解卷积质谱与观测质量范围的结果都是准确的(图3c)。

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通过优化LC-MS方法对DNA-抗体偶联物的表征

在优化了LC-MS分析方法和DNA -抗体偶联物表征的条件后,作者进一步探索了该偶联方法对不同尺寸蛋白质的适用性及反应性。作者成功地将5 ' -BA-ss11-mer与四种不同的蛋白偶联,并使用不超过10个当量的BA标记ON(图4a)。通过将不同长度的单链或双链ON偶联到C2Am-C95上,证明本文开发的偶联方案适用于不同类型BA标记的ONs(图4bc)。随后,作者将其扩展到抗体上,证明目标蛋白的目标半胱氨酸残基是唯一可以成功偶联 5'-BA-mers 修饰的氨基酸残基(图4d)。除了全长的单克隆抗体,作者还将该偶联方法应用于单域抗体以及四种BA标记的ONs(图4e),通过 LC-MS 进行表征后其质量均与预期一致。各种长度BA标记ONs成功地与一系列不同的蛋白质和抗体偶联,清晰证明了这种简单而强大的生物偶联方法不仅可以可提供位点特异性的DNA-蛋白质偶联物,还具有多功能性。

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位点特异性NA-抗体偶联。

随后,作者测试了制备的DNA-抗体偶联物(2Rb17c-C138-ss11-mer)的血浆稳定性,在四个不同时间点采集样品通过LC-MS进行分析(图5a),没有观察到分解现象,这有力地证明了其血浆稳定性。此外,将制备的Thiomab LC-V205C-ss11-mer  2Rb17c-C138-ss11-mer 偶联物用作 DNA-PAINT超分辨率显微镜实验中的探针,证明了制备的两种DNA-抗体偶联物都保留了它们的靶标受体结合活性。最后,为了进一步了解制备的生物偶联物在细胞内的运输和定位,落射荧光显微镜成像的结果提供了受体介导的DNA-抗体偶联物内化的定性证据,表明DNA ON仅在与抗体偶联时才能有效递送到细胞内(图5c)。

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生物偶联物的完整性研究和细胞成像实验。

总的来说,作者开发了一种DNA ONs与蛋白质/抗体的生物偶联优化方案,展示了该方案的通用性,提供了位点特异性的DNA-蛋白质偶联物。这项工作开发的生物偶联平台具有靶向递送治疗性NA的潜力,有望进一步研究和发展更有效的癌症治疗策略。



文章编号:102
原文链接:https://doi.org/10.1002/anie.202109713
原文引用:10.1002/anie.202109713


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