蛋白质糖基化是一个基本的翻译后修饰，参与到许多生物过程中。目前串联质谱可位点特异地分析蛋白质上的糖基化修饰。在sceHCD碎裂模式下可获知糖的整体组成及肽段的序列，但无法在多个糖基化位点的情况下确定糖的修饰位点，而ETxxD的碎裂模式则可获知糖基化位点的信息。目前常见的搜索糖肽的引擎主要先解析肽段的序列，并将糖视为一个可变修饰，糖层面的解析质量不是一个关键。但例如pGlyco的算法则先确定糖的部分，在移除不可靠的糖链后解析肽段部分。作者在此基础上开发了pGlyco3，结合ETxxD的信息可位点特异地识别糖修饰位点，并支持带修饰的糖链的解析。

在N糖修饰中，pGlyco3相对于其它常见算法有更好的准确度与搜索速度。对O糖修饰pGlyco也有较好的搜索效果与较快的速度。作者也使用了pGlyco3对铵加成的己糖进行搜索，在酵母样品中找到了多个结果。

文章作者：JGG

责任编辑：LDY

原文链接：https://www.nature.com/articles/s41592-021-01306-0#Sec20

文章引用：DOI：10.1038/s41592-021-01306-0