Nano Lett.| 阴离子表面活性剂修饰纳米孔,可将DNA易位速度减慢30倍以上

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固态纳米孔是能够对不同生物分子进行无标记定量的单分子传感器。通过调节其表面电荷,可以控制电渗流(EOF),进而影响孔内流体动力。表面活性剂如十二烷基硫酸钠(SDS)已被用于平面膜中固态孔的自组装涂层,以改变其表面电荷。

近期,以色列理工学院的Amit Meller教授团队研究了通过SDS涂层处理的固态孔中的DNA易位动力学,证明了负电荷表面活性物质包覆的固态孔可以使DNA易位速度减慢30倍以上,且不会影响信噪比。该工作以“Over 30-Fold Enhancement in DNA Translocation Dynamics through Nanoscale Pores Coated with an Anionic Surfactant”为题,发表在Nano Letters上。

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SDSSiNx表面形成稳定的涂层,因此潜在地增加孔内的表面负电荷(图1a)。作者首先测试了该涂层对电泳驱动的两种不同长度dsDNA分子易位的影响。对于2500 bp DNA,观察到事件的停留时间(tD)发生了至少一个数量级的显著移动,而电流阻塞幅度(ΔI)没有明显变化(图1b)。同样,250 bp较短DNA链的实验中也观察到了类似的模式(图1c)。

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包覆和未包覆SDS的纳米孔对DNA的转运动力学

接下来,作者对易位动力学进行了详细分析,展示了SDS包覆前后两种长度的dsDNAtD和捕获率(δt)分布。对于2500 bp DNASDS包覆后tD提高了16倍(图2a,左),但δt减少>6倍(图2a,右)。对于250 bp DNASDS包覆后tD提高了34倍(图2b,左),δt没有变化(图2b,右)。综上,SDS包覆的孔表现出显著的减慢易位动力学,但对孔的性能(事件的ΔI和噪声)没有太大的影响。相比之下,这些事件的平均捕获率受到不同的影响:较长的DNA分子的捕获率显著降低,而较短的DNA链则不受影响。

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包覆和未包覆纳米孔的dsDNA移位和捕获率动力学表征

dsDNA片段的无标记传感对于许多生物医学应用十分重要。作者进一步测量了100 bp DNA50 bp DNA的易位动力学(图3)。结果表明,观察到的tD是以前报道的20倍以上,而事件噪声和δt没有任何影响。

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3 EOF辅助dsDNA的高传感分辨率测量

dsDNA的易位动力学受孔附近和内部的电泳力以及EOF的影响,且二者都与相同的电压梯度成正比。为了分离这两种现象,作者使用中性荧光分子来直接成像孔内EOF所产生的效果(图4a)。荧光团加在cis侧,并施加负电压。对于未涂覆SDS的纳米孔,荧光信号不受电压大小或极性的影响(图4b,上)。而SDS涂覆的孔,孔道附近的荧光强度对施加的电压有明显且即时的响应(图4b,下)。荧光强度和开孔电流都显示出与外加电压的线性关系(图4c),这表明负电压下的荧光增强是由于EOFEOF诱导荧光团从cis侧易位到trans侧。

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纳米孔中电渗流的电光传感

最后,作者使用数值模拟计算孔内和附近的不同电荷密度下的EOF。结果表明,较高的表面电荷密度表现出更强的流体动力流动(图5a, b),荧光团进入孔内的运动轨迹与EOF线一致,与实验结果吻合(图5c)。

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5 EOF的数值模拟

总结来说,作者发现SDS涂层处理的固态孔中可以减慢DNA易位速度,减速的主要原因是与表面负电荷相关的孔内EOF。这种方式可以简单、高灵敏度地检测小dsDNA而不损失信噪比。

【文章链接】
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.nanolett.3c01096
DOI号】
https://doi.org/10.1021/acs.nanolett.3c01096
【本文作者】

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欧阳羽升
黄硕课题组2022级硕士生


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