给大家分享一篇Nature chemical biology上的文章Profiling dynamic RNA–protein interactions using small-molecule-induced RNA editing，本文通讯作者是来自普林斯顿大学的Ralph E. Kleiner教授，其研究方向为RNA动力学与转录后调节。
RNA结合蛋白在转录后基因调节中起到了重要的作用。最常见的直接检测RNA-蛋白相互作用的方法为UV交联与免疫沉淀（如CLIP-seq等），但这些方法有UV无法穿透组织、抗体可及性等问题。本文中作者发展了名为TRIBE-ID的方法，可时间精确地检测与定量动态的RNA-蛋白相互作用。
TRIBE-ID利用了FRB与FKBP在雷帕霉素存在下会二聚的特性，将FKBP与ADAR融合表达，同时将FRB与RBP融合表达，在雷帕霉素存在下使RBP与ADAR组合在一起，使得相较于传统的TRIBE方法变得时间可控。作者用能响应应激的RBP G3BP1进行测试，发现在没有亚砷酸钠压力下时，雷帕霉素处理能使G3BP1与ASAR共同定位在细胞质内，而加入亚砷酸钠后则会聚集在应激颗粒中。此后作者通过测序对A->I的编辑位点进行定量，与只转染ADAR进行比较，可对RBP特异的编辑与ADAR带来的背景编辑进行区分。作者后续在时间尺度上控制了G3BP1与ADAR的结合，使用雷帕霉素分别处理细胞2、4、8h后收取mRNA，可发现随着处理时间变长，定量到的编辑位点数目再增加，作者也据此找到了随时间增长被富集的RNA，也发现G3BP1能稳定结合的RNA。利用此方法作者也定量检测了G3BP1抑制剂对其RNA结合的抑制作用。
总之，本文利用特异性的蛋白二聚，从时间分辨层面实现了对RBP作用核酸的精确定位，为研究蛋白-核酸相互作用的研究提供了新的工具。
本文作者：JGG
本文编辑：LYC
文章链接：https://www.nature.com/articles/s41589-023-01372-9
文章引用：10.1038/ s41589-023-01372-9
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